можно методом замены, можно методом тыка или компьютерной диагностики..))))
а можно вообще ничего не делать, автор топика даже не написал какой дрыгатель....
Спросил совета, ему его дали на основании личного опыта.... а там его выбор поковыряться в свободное время, вникнуть в проблему или подождать до следующего ТО с принципом хороший стук сам наружу вылезет

Да влияют не тормоза, а доп.нагрузка на мотор при торможении (раскачка) и торможение двигателем, создаваемое работой АКПП при переключении на пониженные передачи.
У меня если на холодную (-15 и ниже), на слабо прогретом моторе даже при не сильном торможении обороты могут проваливаться до 500-600, как только двигатель прогреееться полностью, такого не происходит, а летом вообще можно в пол с 150 тормозить и ничего не будет.

Не забывайте что помимо вязкого масла холодного в самом моторе, вязкое холодное масло в коробке, а так же холодный катализатор и лямбды+дубовенькие гидроопоры двигателя и АКПП, все это в совокупе дает эту "проблему". Сейчас насоветуют, пол машины перебрать, мой совет забить или греть машину дольше с газом на 2000 об/мин минут 5 если напрягает.

Ну что-то сомнительно, что при стоянии на светофоре у человека непрогретая коробка. Так явно не должно быть.

На светофоре да, бред, а во время торможения такое постоянно происходит на холодную. Может у него коробка сама клацать начинает 1-2 тогда понятно будет, при мануальном переключении в стоячке на 2-ю мотор просадивается до 500-600 об